国家环境保护总局关于印发《全国生物物种资源保护与利用规划纲要》的通知

国家环境保护总局关于印发《全国生物物种资源保护与利用规划纲要》的通知
（环发〔2007〕163号）
各省、自治区、直辖市人民政府，新疆生产建设兵团，发展改革委，教育部，科技部，财政部，建设部，农业部，商务部，卫生部，海关总署，工商总局，质检总局，林业局，食品药品监管局，知识产权局，中科院，中医药局，海洋局：
为贯彻落实国务院办公厅《关于加强生物物种资源保护和管理的通知》（国办发〔2004〕25号）精神，我局联合生物物种资源保护部际联席会议成员单位共同编制了《全国生物物种资源保护与利用规划纲要》。经国务院同意，现印发给你们，请结合实际工作，认真贯彻落实。
各地区、各有关部门要充分认识生物物种资源保护和管理的重要性和紧迫性，将生物物种资源保护和管理工作列入重要议事日程，分别编制本行政区和相关领域的保护与利用规划，并纳入国家和地方国民经济和社会发展计划，认真组织实施。
附件：《全国生物物种资源保护与利用规划纲要》
二○○七年十月二十四日
附件：
全国生物物种资源保护与利用规划纲要
一、前言
“生物物种资源”指具有实际或潜在价值的植物、动物和微生物物种以及种以下的分类单位及其遗传材料。“生物物种资源”除了指物种层次的多样性，还包含种内的遗传资源和农业育种意义上的种质资源。而“遗传资源”是指任何含有遗传功能单位（基因和DNA水平）的材料；“种质资源”是指农作物、畜、禽、鱼、草、花卉等栽培植物和驯化动物的人工培育品种资源及其野生近缘种。
生物物种资源是人类生存和社会发展的基础，是国民经济可持续发展的战略性资源，生物物种资源的拥有和开发利用程度已成为衡量一个国家综合国力和可持续发展能力的重要指标之一。
我国是世界上生物多样性最丰富的国家之一，也是世界上重要的农作物起源中心之一，还是多种特有畜、禽、鱼类种和品种的原产地。此外，世界著名的中国传统医药及其相关传统知识是许多相关产业的珍贵创新资源。
由于人口的快速增长、对生物物种资源的过度开发、外来物种的引进、环境污染、气候变化等原因，我国生物物种资源丧失和流失情况严重。为了进一步加强生物物种资源保护，扭转生物物种资源管理面临的被动局面，并在保护的基础上，推进生物物种资源的可持续利用，制定本规划纲要。
二、指导思想和原则
（一）指导思想
以科学发展观为统领，按照加强保护、促进可持续利用的方针，遵循生态、经济、社会发展规律，以完善的法制和政策措施为保障，以机制和体制创新为动力，以强化监督管理和宣传教育为手段，政府主导，全社会参与，促进生物物种资源的有效保护与可持续利用，为实现全面建设小康社会，促进人与自然和谐服务。
（二）原则
1、国家对领土内分布的生物物种资源拥有主权。获取我国的生物物种资源必须遵守我国的法律法规和相关政策。
2、坚持科学性和可操作性。提倡依靠科学进步和科技手段保护和持续利用生物物种资源，保护和利用措施力求务实、创新和具有可操作性。
3、实行优先保护和分级保护。采取分阶段和分级保护，确保最重要和最受威胁的生物物种资源得到优先保护。
4、促进保护与利用相协调。体现保护为主，注重可持续利用，建立保护与利用相协调的长效机制。
5、重视各利益相关方的协调与充分参与。加强各相关主管部门之间的协调以及中央与地方政府的协调，鼓励科研机构、企业和公众的广泛参与。
三、规划目标
（一）总体目标
使用现代科学技术和适用传统知识，保护生物多样性，保护物种及其栖息环境，持续利用生物物种及其遗传资源，公平分享因利用生物物种及遗传资源和相关传统知识产生的惠益，促进人与自然和谐共处。
（二）阶段目标
1、近期目标（2006-2010年）
到2010年，有效遏制目前生物物种资源急剧减少的趋势，特别是有效遏制因人为因素造成的生物物种资源急剧丧失趋势。以重点调查和普查相结合的方式，调查薄弱地区和重要类型生物物种资源本底、以及与生物物种资源相关的传统知识与适用技术，进行鉴别、整理和编目；协调和建立生物物种资源数据库和信息系统，构建生物物种资源保护与持续利用信息共享平台；建立和完善相关的管理体系、法规、政策和标准体系；配合国际公约谈判，研究并建立生物遗传资源获取与惠益分享制度；建立生物物种资源进出口管理制度，加强出入境查验，控制生物物种及遗传资源的流失。以各种措施保护生物物种及遗传资源，对特别受威胁的生物物种实施重点保护，加强保护设施建设，特别是自然保护区的规划和建设。开发可持续利用生物物种资源的科学技术，加强人才培养，推进生物物种资源的研究开发和优良基因的挖掘。
2、中期目标（2011-2015年）
到2015年，基本控制生物物种资源的丧失与流失。基本完成相关领域的生物物种及遗传资源调查与编目，制定优先保护物种名录，完善标准体系，实现生物物种资源保护与管理的数据化和信息共享。建立以保护重要生物物种及遗传资源为目标的自然保护区、移地保护设施和种质资源库等离体保存设施，加强对这些保护设施的建设与管理。建立国内相关传统知识的文献化编目和产权保护制度；通过试点，逐步实施生物遗传资源获取与惠益分享制度；加大投入，强化生物物种及基因性状和功能的鉴别、筛选和利用，广泛进行生物物种资源可持续利用的研究与开发，使生物物种得到充分的利用。
3、远期目标（2016-2020年）
到2020年，生物物种资源得到有效保护。进一步加强生物物种资源保护，使绝大多数的珍稀濒危物种种群得到恢复和增殖，生物物种受威胁的状况进一步缓解；自然保护区及各类生物物种资源保护、保存设施的建设与管理质量得到进一步提高，资源保存量大幅度增加；相关法律制度和管理机构、生物遗传资源获取与惠益分享制度进一步完善；进一步健全国内相关传统知识的文献化编目和产权保护制度，并与国际接轨；完成一系列持续利用各类生物物种资源的技术开发，基因鉴别和分离技术逐步完善，并发掘更多的优良基因，用于农业生产和医药保健等；形成公众参与生物物种资源保护的长效机制。
四、保护与利用的重点领域
（一）陆生野生动物资源保护与利用
1、现状
我国有陆生脊椎动物约2748种，其中兽类约607种，鸟类约1294种，爬行类约412种，两栖类约435种，分别占世界兽类、鸟类、爬行类和两栖类的12.6%、13.3%、6.5%和10.8%。由于我国大部分地区未受到第三纪和第四纪大陆冰川的影响，保存有大量的特有物种。据统计，约有467种陆生脊椎动物为我国所特有，大熊猫、金丝猴、藏野驴、黑麂、白唇鹿、麋鹿、矮岩羊、朱?q、褐马鸡、绿尾虹雉等均为我国特有的珍稀濒危陆生脊椎动物。
近年来，由于野生动物栖息地遭破坏、掠夺式的开发利用和环境污染等原因，野生动物资源面临的压力不断增大，我国有300多种陆生脊椎动物处于濒危状态。林业局1995-2000年对252个物种的调查结果显示，一些非重点保护物种，尤其是经济利用价值较高的物种资源量呈下降趋势。
建国以来，我国政府十分重视野生动物及其栖息地的保护工作，已建立各级野生动物类型自然保护区511个，面积达4000多万公顷。大熊猫、朱?q、扬子鳄、东北虎、金丝猴、麋鹿、野马、高鼻羚羊等珍稀濒危野生动物保护工作取得积极进展。
2、存在的主要问题
有法不依，执法不严。一些地方乱捕滥猎、倒卖走私野生动物及其制品的违法犯罪活动时有发生，团伙作案、跨国走私等大案要案发案率上升的势头没有得到根本遏制；侵占、破坏野生动物栖息地和自然保护区的现象非常突出。
投入不足，保护意识不高。保护和管理资金匮乏，野生动物保护和自然保护区建设的投资和运行经费大多没有纳入财政预算。一些地方“野生无主，谁猎谁有”的旧观念还根深蒂固，保护野生动物的意识还比较淡薄。
管理机构不健全，研究队伍力量薄弱。目前，尚有10多个省份未建立野生动物管理专门机构。相关科学研究基础薄弱，专业人员缺乏，有效的科学研究和监测体系尚未建立，一些特殊物种的保护与合理利用技术研究还没有突破。
3、主要目标与任务
近期目标与任务（2006－2010年）：重点实施15个野生动物拯救工程，新建15个野生动物驯养繁育中心和32个野生动物监测中心（站）。到2010年，使全国各级野生动物类型自然保护区总数增加到525-535个，面积达4730-4750万公顷，初步形成较为完善的野生动物自然保护区网络，使90%国家重点保护野生动物得到有效保护，极大改观濒危物种的生存状况。认真履行有关国际公约，有效管理濒危野生动物物种的进出口。
中期目标与任务（2011－2015年）：进一步加强各级管理部门的能力建设，实现指挥、查询、统计、监测等管理工作网络化，初步建立野生动物保护管理体系，完善科研体系和进出口管理体系。到2015年，全国各级野生动物类型自然保护区总数增加到575-585个，面积达5070-5090万公顷，形成完整的自然保护区保护管理体系，使60%的国家重点保护野生动物种群数量得到恢复和增加，35%的国家级自然保护区达到规范化建设要求。
远期目标与任务（2016－2020年）：全面提高野生动物保护管理的法制化、规范化和科学化水平，实现野生动物资源保护和利用的良性循环。进一步增加全国野生动物类型自然保护区数量和面积，全面提高管理质量。新建一批野生动物禁猎区、繁育基地，使我国85%的国家重点保护野生动物种群数量得到恢复和增加，使70%的国家级和50%的地方级自然保护区实现规范化建设。
4、保护与利用措施
实施野生动物拯救工程。在黑龙江省饶河、虎林和吉林省珲春等地实施东北虎拯救工程；在蒙新高原荒漠区实施藏羚羊、林麝和雪豹拯救工程；在青藏高原实施藏羚羊、普氏原羚和马麝拯救工程；在喜马拉雅地区实施喜马拉雅麝的拯救工程；在长江上游山系实施大熊猫拯救工程；在藏东南地区实施孟加拉虎和黑麝拯救工程；在湘南、闽西、赣南、粤北地区实施华南虎拯救工程；在皖南和浙西地区继续实施扬子鳄拯救工程；在滇南地区实施印支虎拯救工程；在滇南、桂南地区实施长臂猿拯救工程。
建立野生动物自然保护区。在目前自然保护区建设的基础上，至2020年，新建100个左右各级野生动物类型自然保护区。在蒙新高原荒漠区加强有蹄类动物的保护和荒漠生态系统保护区的建设，重点新建4处以保护藏羚羊和林麝为主的保护区和5处禁猎区；在四川省西部高原地区实施黑颈鹤保护工程；在四川、云南两省完成金丝猴种群及栖息地保护工程和虹雉等特有雉类栖息地保护工程，新建30条动物走廊带；在华东丘陵地区完成丹顶鹤、白鹤越冬地建设，以及黄腹角雉、白颈长尾雉等特有雉类栖息地建设；在华南低山丘陵地区实施亚洲象栖息地和海南坡鹿栖息地的自然保护区建设。
建立动物园和规模化野生动物繁育中心。根据地方条件和需要，在经济发达地区，建设地市级城市动物园或动物展区，近期和中期建设总数为50-60个。在完善现有11处野生动物救护繁育中心的基础上，新建20处规模化野生动物繁育中心（或驯养繁殖场），解决高鼻羚羊、麝、麂、穿山甲、灵长类、羚羊类、灵猫、野猪、紫貂、河狸、雉类、雁鸭类、鸠鸽类、观赏鸟类、陆生蛇类、巨蜥、陆龟、虎纹蛙等野生动物种源的规模化繁育及技术问题，引进羊驼、西瑞等种源进行繁育推广，进一步丰富驯养繁殖的野生动物种类。规范管理各类野生动物驯养繁育场所及其商业活动。
加强资源利用技术研究。在可利用资源本底调查和保护工作不断加强的基础上，发展相关技术，对某些有条件利用的种类合理开发其观赏、狩猎和动物制品。在2015年之前，重点加强圈养野生动物种群遗传衰退的生物学研究，加强遗传多样性的恢复技术、驯养繁殖技术和传染病的预防与控制技术以及药用动物制品有效成分的鉴定和替代品开发技术研究，加强经济野生动物产业化和规模化养殖的关键技术、转基因动物与动物制品的研制开发技术、野生动物产业状况监测技术和解决产业化关键问题的管理技术等方面的研究。加强野生动物动态监测体系、疾病控制防治预警系统以及信息系统的研究。
（二）水生生物资源保护与利用
1、现状
水生生物资源具有巨大的经济、社会和生态价值。我国水生生物资源具有特有程度高、孑遗物种数量大、生态系统类型齐全等特点，目前经调查并记录的水生生物物种有2万多种，其中鱼类3800多种、两栖爬行类300多种、水生哺乳类40多种、水生植物600多种，具有重要利用价值的水生生物种类200多个。以水生生物资源为主体形成的水生生态系统，在维系自然界物质循环、能量流动、净化环境、缓解温室效应等方面功能显著，对维护生物多样性、保持生态平衡有着重要作用。
水生生物是人类重要的食物蛋白来源。目前，我国水产品产量占动物性（肉、禽蛋、水产品）食物生产量的1/3，为保障食物安全、改善人民膳食结构和提高营养水平发挥了重要作用。2006年，我国水产品出口额达到93.6亿美元，同比增长18.7%。渔业已成为我国国民经济的重要组成部分，是促进农村经济发展、调整农业产业结构、增加农民收入的有效途径之一。
多年来，各级渔业行政主管部门在水生生物资源保护方面开展了大量工作，取得了一定成效：相继组织实施了海洋伏季休渔制度、长江禁渔期制度、捕捞许可管理制度、海洋捕捞渔船数量功率指标双控制度、海洋捕捞产量“零增长”、“负增长”计划及捕捞渔民转产转业等一系列行之有效的保护管理制度和措施；积极开展水生生物资源增殖放流活动， 1999年－2006年间，各地累计向海洋和内陆水域增殖放流各类渔业资源种苗达892.2亿尾（粒）。仅2004年－2006年间，投放各类水生生物资源种苗450.2亿尾（粒），增殖品种达90多个。建设各种类型人工鱼礁43处，总体积60余万立方米；建成国家级水产原良种场43个，省级水产原良种场168个，建立各级各类水生生物自然保护区近210个，其中国家投资建设的水生野生动植物保护区和救护中心48个，已累计救治各类珍稀濒危水生野生动物10000多头（尾）。
2、存在的主要问题
水域生态环境不断恶化。近年来，我国废水排放量呈逐年增加趋势， 2006年监测数据表明，我国主要江河均遭受不同程度污染，长江、黄河、淮河等七大水系的408个水质监测断面中，有46%的断面满足国家地表水Ⅲ类标准；28%的断面为Ⅳ～Ⅴ类水质；超过Ⅴ类水质的断面比例占26%。全国近岸海域288个海水水质监测点中，达到国家一、二类海水水质标准的监测点占67.7%；三类海水占8.0%；四类、劣四类海水占24.3%。全国海域未达到清洁水质标准的面积约14.9万平方公里，其中，严重污染海域面积约为2.9万平方公里。四大海区近岸海域有机物和无机磷浓度明显上升，无机氮全部超标，渤海、长江口、杭州湾、珠江口等经济发达地区近岸水域污染情况尤为严重。水域污染事故频繁，2006年仅渔业污染事故就发生1463起，造成直接经济损失和天然渔业资源损失36.4亿元。近岸海域和内陆水域是众多水生生物的主要产卵场和索饵育肥场，受污染影响，水域功能明显退化，水生生物的亲体繁殖力和幼体存活力降低，水域生产力急剧下降，其中渤海水域，生产水平已不足20世纪80年代的l/4。
过度捕捞造成渔业资源严重衰退。2004年，我国捕捞机动渔船数量35.6万艘，专业捕捞渔民达183万人，是世界上捕捞机动渔船最多、专业捕捞渔民数量最大的国家，其中海洋捕捞机动渔船22万艘，功率1234万千瓦，专业捕捞渔民约112万人。根据资源调查与专家评估结果，现有海洋捕捞能力已超过资源承受能力的30%以上。同时，长期以来粗放式、掠夺式的捕捞生产方式，大量非传统渔业劳动力的无序涌入，使海洋生物资源承受着日益巨大的压力。内陆渔业资源状况也不容乐观，长江流域的捕捞产量已从上世纪50年代的40多万吨下降到目前的10万吨左右。
其他人类活动致使大量水生生物栖息地遭到破坏。拦河筑坝、围湖造田、交通航运和海洋海岸工程等人类活动的增多，使水生生物生存空间被挤占，洄游通道被切断、栖息地及生态环境遭严重破坏，生存条件不断恶化。水利水电工程和海洋海岸工程对水域生态造成的不利影响不容忽视，对内陆水域中的珍稀濒危水生生物破坏尤为明显，直接导致我国水生野生动植物濒危程度不断加剧。据调查，我国处于濒危状态的水生野生动植物种类已由1988年的80个上升到目前的近500个，白鳍豚、白鲟、鲥鱼等珍稀物种濒临绝迹，或已难觅踪迹。
3、主要目标与任务
近期目标与任务（2006-2010年）：水生生物资源衰退、濒危物种数目增加的趋势得到初步缓解，过剩的捕捞能力得到压减，捕捞生产效率和经济效益有所提高。全国海洋捕捞机动渔船数量、功率和国内海洋捕捞产量分别压减到19.2万艘、1143万千瓦和1200万吨左右；每年增殖重要渔业资源品种的种苗数量达到200亿尾（粒）以上；省级以上水生生物自然保护区总数达到100个以上。
中期目标与任务（2011-2015年）：渔业资源衰退和濒危物种数目增加的趋势得到进一步遏制，全国海洋捕捞机动渔船数量、功率和国内海洋捕捞产量分别压减到17.6万艘、1070万千瓦和1100万吨左右；每年增殖重要渔业资源品种的种苗数量达到300亿尾（粒）以上；省级以上水生生物自然保护区总数达到150个以上。
远期目标与任务（2016-2020年）：渔业资源衰退和濒危物种数目增加的趋势基本得到遏制，捕捞能力和捕捞产量与渔业资源可承受能力大体相适应。全国海洋捕捞机动渔船数量、功率和国内海洋捕捞产量分别压减到16万艘、1000万千瓦和1000万吨左右；每年增殖重要渔业资源品种的种苗数量达到400亿尾（粒）以上；省级以上水生生物自然保护区总数达到200个以上。
4、保护与利用措施
加强渔业资源重点保护。坚持并不断完善禁渔区和禁渔期制度，针对重要渔业资源品种的产卵场、索饵场、越冬场、洄游通道等主要栖息繁衍场所及繁殖期和幼鱼生长期等关键生长阶段，设立禁渔区和禁渔期，对其产卵群体和补充群体实行重点保护。继续完善海洋伏季休渔、长江禁渔期等现有禁渔区和禁渔期制度，并在珠江、黑龙江、黄河等主要流域及重要湖泊逐步推广。修订《重点保护渔业资源品种名录》和重要渔业资源品种最小可捕标准，推行最小网目尺寸制度和幼鱼比例检查制度。建立水产种质资源保护区，强化和规范保护区管理。建立水产种质资源基因库，保存水产遗传种质资源。采取综合性措施，改善渔场环境，对已遭破坏的重要渔场、重要渔业资源品种的产卵场实施重建计划。
增殖渔业资源。统筹规划和合理确定适用于渔业资源增殖的水域滩涂，重点针对已经衰退的重要渔业资源品种和生态荒漠化严重水域，采取各种增殖方式，加大增殖力度，不断扩大增殖品种、数量和范围。合理布局增殖种苗生产基地，确保增殖种苗供应。制定国家和地方的沿海人工鱼礁和内陆水域人工鱼礁建设规划，科学确定人工鱼礁（巢）的建设布局、类型和数量，注重发挥人工鱼礁（巢）的规模生态效应。规范渔业资源增殖管理，大规模的增殖放流活动，要进行生态安全风险评估，大型人工鱼礁建设项目要进行可行性论证。
实行负责任捕捞管理。根据捕捞量低于资源增长量的原则，确定渔业资源的总可捕捞量，逐步实行捕捞限额制度。继续完善捕捞许可证制度，严格执行捕捞许可管理有关规定。加强对渔船、渔具等主要捕捞生产要素的有效监管，强化和规范职务船员持证上岗制度，逐步实行捕捞从业人员资格准入，严格控制捕捞从业人员数量。
引导捕捞渔民转产转业。积极引导捕捞渔民向养殖业、水产加工流通业、休闲渔业及其它产业转移，实行捕捞渔民转产转业扶持政策。国家财政预算继续安排减船转产专项补助资金，地方各级政府要加大投入，落实各项配套措施，确保减船工作顺利实施。对转产从事其他行业的捕捞渔民，财政、金融、税务等部门继续实行优惠政策。
加大自然保护区建设力度。加强水生野生动植物物种资源调查，在充分论证的基础上，结合当地实际，统筹规划，逐步建立布局合理、类型齐全、层次清晰、重点突出、面积适宜的各类水生生物自然保护区体系。建立水生野生动植物自然保护区，保护白鳍豚、中华鲟等濒危水生野生动植物以及土著、特有鱼类资源的栖息地；建立水域生态类型自然保护区，对珊瑚礁、海草床等进行重点保护。加强保护区管理能力建设，完善保护区管理设施，加强保护区人员业务知识和技能培训，强化保护区内禁渔、巡航监督、跟踪监测及其他管理措施，促进保护区的规范化、科学化管理。
实施濒危物种专项救护。建立救护快速反应体系，建设水生野生动物救护中心或基地，增加应急救护专项经费，对误捕、受伤、搁浅、罚没的水生野生动物及时进行救治、暂养和放生。针对白鳍豚、白鲟、水獭等亟待拯救的濒危物种，制定重点保护计划，采取特殊保护措施，实施专项救护行动。对栖息场所或生存环境受到严重破坏的珍稀濒危物种，采取迁地保护措施。
驯养繁殖濒危物种。对中华鲟、大鲵、海龟和淡水龟鳖类等国家重点保护的水生野生动物，建设基因库、细胞库等，保存种质资源。建设濒危水生野生动植物驯养繁殖基地，进行驯养繁育核心技术攻关。建立水生野生动物人工放流制度，制订相关规划、技术规范和标准，对放流效果进行跟踪和评价。
管理濒危物种经营利用。调整和完善国家重点保护水生野生动植物名录。建立健全水生野生动植物经营利用管理制度，对捕捉、驯养繁殖、运输、经营利用、进出口等各环节进行规范管理，严厉打击非法经营利用水生野生动植物行为。根据国内外有关法律法规规定，完善水生野生动植物进出口审批管理制度，严格规范水生野生动植物进出口贸易活动。加强水生野生动植物物种识别和产品鉴定工作，为水生野生动植物保护管理提供技术支持。
监管外来物种。加强水生动植物外来物种管理，完善生态安全风险评价制度和鉴定检疫控制体系，建立外来物种监控和预警机制，在重点地区和重点水域建设外来物种监控中心和监控点，防范和治理外来物种对水域生态造成的危害。
（三）畜禽遗传资源保护与利用
1、现状
我国畜禽等家养动物主要有猪、鸡、鸭、鹅、特禽、黄牛、水牛、牦牛、独龙牛、绵羊、山羊、马、驴、骆驼、兔、水貂、貉、蜂等20个物种，共计576个品种，其中地方品种为426个、培育品种有73个、引进品种有77个。
20世纪50年代初至70年代中期，农业部两次组织全国家畜品种资源调查，编写出《祖国优良家畜品种》以及各种家畜的品种志，为我国畜禽遗传多样性保护奠定了基础。20世纪80年代以来，开展了畜禽遗传资源调查、收集整理、品种遗传关系研究、活体和冷冻移地保护、保护和开发利用方案等方面工作。90年代末，开展了“畜禽种质资源收集、整理、评价、保存”项目，新发现了一批畜禽遗传资源，收集了畜禽种质资源动态变化信息，对绵、山羊进行了遗传多样性分析，建立了畜禽遗传资源体细胞保存体系，收集了濒危畜禽动物资源入库长期保存。并且建立了畜禽遗传资源数据库，收录了282个品种的信息。2002年，建立了畜禽遗传资源网络信息系统，收集500余个畜禽品种的信息资料，初步实现了网络查询和共享。
由于生态环境恶化、品种单一化等因素，畜禽种质资源的状况堪忧。随着新畜禽品种的推广，过去数千年来驯化的许多传统品种被遗弃，大量珍贵的遗传资源也随之损失，如上海的荡脚牛、湖北的枣北大尾羊、河南的项城猪、江苏的九斤黄鸡等已经完全灭绝。1999年调查结果表明，严重濒危畜禽品种达37个。
2、存在的主要问题
畜禽品种资源收集尚存差距，基因鉴定工作停留于表面。由于我国农业系统复杂，品种资源收集工作量大，对部分地区的畜禽种质资源未能进行深入细致的考察，致使一些品种资源未能编目并得到有效保护。对于现有畜禽品种资源的种质鉴定评价，尽管做了大量基础性工作，积累了一些鉴定数据，但基因的传递和变异规律仍需深入研究。
科学技术手段落后，研究力量薄弱。我国在基础研究，创新研究方面成果较少，缺乏具有自主知识产权的研究成果。相应专业人才缺乏、试验手段落后和技术开发力量薄弱，尚未形成完整健全的研究工作体系。
投入不足，设施与手段落后。由于我国畜禽品种资源保护工作起步较晚，保护体系不健全，保护措施不配套，资金投入严重不足，目前国家重点保护的78个畜禽品种中，有14个品种还没有保种场，近一半以上的保种场经营困难，开展保种选育工作难度很大，部分畜禽品种的优良性状严重退化或丧失。
缺乏创新机制。我国畜禽品种资源保护与开发的组织形式单一，多数资源保护场处于被动保种，对畜禽品种的培育和优良遗传基因的开发利用不够，科研工作滞后，造成多数品种保护和利用脱节。大部分地方品种未能得到很好的保护，保种场经济效益差。
新驯化动物缺乏规范管理。近年来，为开发野生动物的经济用途，各地新驯养了一些食用动物、毛皮动物、药用动物等种类，如果子狸、紫貂等，对这些驯养动物的资源情况缺乏系统的调查。另一方面，宠物的家庭饲养越来越普遍，种类也越来越多，目前对宠物类动物资源现状缺少了解。此外，对驯养动物和宠物动物传染性疾病的防治还不够重视，许多疾病的传染机理尚不清楚。
3、主要目标与任务
近期目标与任务（2006～2010年）：开展畜禽遗传资源普查，用2-3年的时间基本查清我国现有畜禽品种（类群）的数量、分布、特性及开发利用状况，并在此基础上出版国家畜禽品种志书，逐步建立、完善畜禽遗传资源数据库和信息网；加强畜禽品种保种场、保护区基础设施建设，对濒危资源实施抢救性保护，对国家级、省级保护品种实施重点保护，国家级保护品种有效保护率要达到100%，对于实施抢救性保护的濒危品种，确保登记品种不再消失；继续加强国家家畜基因库（北京）、家禽基因库（江苏）和水禽基因库（福建）建设，增强保种能力，建立畜禽遗传资源细胞库，开展多种形式保护研究；采取现代生物技术与常规技术相结合的方法，加快新品种培育和推广的步伐，每年培育出3-5个畜禽新品种（配套系）。